Санта Клаус по вине «Мадагаскарской» компании, терпит аварию и попадает на Мадагаскарский остров, полученная амнезия грозит срыву торжеств. Алекс, Марти, Мелман и Глория берут на себя доставку подарков детям. Заодно они надеются вернуться в Нью-Йорк на санках Санты.
Никто не поверил бы в начале 21 столетия, что за всем происходящим на Земле зорко и внимательно следят существа более развитые, чем человек; что в то время, как люди занимались своими делами, их исследовали и изучали. С бесконечным самодовольством сновали люди по всему земному шару, занятые своими делишками, уверенные в своей власти над материей. А между тем через бездну пространства на Землю смотрели глазами полными зависти, существа с высокоразвитым, холодным, бесчувственным интеллектом, и медленно, но верно вырабатывали свои враждебные нам планы…